成功晋级到第三轮的20支球队会被分成5组，每组4队，每组首名出线2010年世界杯决赛周。另外，每组前三名球队出线2010年非洲国家杯决赛圈。此轮的种子队分配情况会比较复杂，会根据以下三大原则：

根据各球队在第二轮小组赛所获得的分数。大部分球队都会进行了六场赛事，最高可获18分。但于第十一组中，由于厄立特里亚已放弃参加比赛，导致这一组仅有3队（即只需赛4场，最高只有12分）。因此国际足联宣布晋级的20支球队中，与该组（除第十一组外）之最尾队伍的成绩（2场）不会被计算在内，即是说每队在这原则下最高只可得到12分。

根据各球队在2008年非洲国家杯的成绩。各支球队会依照他们完成当届赛事的成绩以第1名到第16名来排列，夺得当届冠军（第一名）的可获得16分，亚军（第二名）可获得15分，季军（第三名）可获得14分，如此类推。成绩最差的仅会获得1分，而未能晋级到2008年非洲国家杯决赛周的球队亦能得到1分。

根据各球队的国际足联世界排名。晋级到此轮的20支球队，会依照他们的世界排名来排列出第1位到第20位，排行最高的可得到20分，第二名有19分，以此类推；而第二十名仅会获得1分。

最后，在以上三项中得到的分数会被加上，并会根据分数的多寡来将各队排名。1–5名球队会进入第一档次，6–10名会分到第二档次，11–15名会分到第三档次，16–20名会分到第四档次。

假如南非能晋级到此轮，他在这轮所获得的积分只会用来计算他们能否参与2010年非洲国家杯，并不会采用在2010年世界杯中。而安哥拉若能晋级到此轮，与他在这轮处于同一组的其余3支队伍，将可自动晋级到2010年非洲国家杯决赛周，因为安哥拉已凭主办国身份得到其参赛资格。